A conservação da coluna cromatográfica é diferente do preenchimento da coluna cromatográfica, e seu método de conservação também é diferente. Em geral, a maioria das colunas de separação aniônica é mantida em condições alcalinas e colunas de separação catiônica em condições ácidas. Quando for necessário conservar por um longo período de tempo (mais de 30 dias), primeiro bombe o líquido de conservação dentro da coluna, em seguida, retire a coluna do instrumento e coloque a coluna a baixa temperatura depois de bloquear ambas as extremidades com uma junção sem furos. Não é necessário por um curto período de tempo, deve ser ligado pelo menos uma vez por semana, deixando o instrumento funcionar 1-2h.