O papel do sistema de vácuo é a eliminação de gases e ar não condensíveis extraídos da armadilha fria para estabelecer um nível de vácuo que mantenha a taxa de sublimação do produto. O alto vácuo reduz efetivamente a resistência do fluxo de vapor de água e evita a oxidação devido à ausência de ar durante o processo de secagem.

Quando o vácuo é congelado e seco, a pressão dentro da armadilha fria não é o menor o melhor, mas deve ser controlada dentro de uma certa faixa. A baixa pressão é certamente favorável à sublimação do gelo no produto. Mas devido à pressão muito baixa é desfavorável para a transferência de calor, o produto não é fácil obter calor, e a taxa de sublimação é reduzida.

Quando a pressão é muito alta, a taxa de sublimação do gelo dentro do produto diminui, então a temperatura do próprio produto aumenta, quando é superior a um certo grau, o produto vai derreter, causando uma falha de congelamento.