Sintetizador de DNA/RNAOs métodos de uso (DNA como exemplo) abrangem vários aspectos como preparação de reagentes, entrada de sequências, configuração de parâmetros, inspeção de colunas de síntese, limpeza de tubulações, monitoramento de processos de síntese e processamento de produtos.
Preparação do Reagente:
Verifique cuidadosamente a quantidade de reagente em todas as garrafas de reagente no sintetizador e, se necessário, troque as garrafas de reagente, prestando especial atenção a grandes quantidades de solventes, como o acetonitril.
Certifique-se de que o grupo de garrafas de reagente e o grupo de garrafas de base estejam bem selados e mantenham uma certa pressão para impedir a entrada de ar externo que afete o efeito de síntese.
Entrada de sequência:
A introdução da sequência de DNA a ser sintetizada no sintetizador pode ser feita por meio de um software de design assistido por computador, levando em consideração fatores como a preferência de códons, a estrutura secundária e os locais enzimáticos restritos.
Verifique se as etapas de síntese selecionadas estão corretas para garantir que o processo de síntese seja realizado de acordo com o processo predefinido.
Configuração de parâmetros:
Selecionando o método de terminação, o estado original do instrumento é geralmente TritylOffAuto e, se a intenção é conectar o oligonucleótido purificado com o grupo 5'-DMT, ele é transformado no estado final TritylOnAuto.
Sob o nome de usuário de cada monitor de coluna, insira o nome de salvamento desejado para facilitar o gerenciamento e o rastreamento posteriores.
Marcar cada garrafa de coleta com um código em vez da sequência de DNA correspondente para facilitar a identificação e classificação.
Inspeção de coluna sintética:
Execute a etapa StartColumn para verificar a posição de cada coluna para garantir que a coluna está na posição correta no sintetizador e evitar falhas de síntese devido a desvios de posição.
Verifique se os resíduos de solvente ligados ao sintetizador (garrafas de resíduos) estão cheios para evitar derramamentos de líquidos devido ao excesso de garrafas de resíduos e afetar o ambiente de síntese.
Limpeza de Tubos:
Se o coletor de divisão for usado para recolher o fluxo de cada etapa de desprotecção do DMT, certifique-se de que o tubo de ensaio está completamente limpo e abra o coletor de divisão para garantir que a tubulação de resíduos do DMT conduza ao coletor de divisão.
Inicie o ciclo e execute o processo de início para limpar a tubulação do reagente, removendo o reagente original para evitar que o antigo reagente interfira com a nova reação de síntese.
Monitoramento do processo de síntese:
Durante a síntese, a condutividade total dos cáyons DMT liberados em cada ciclo de síntese de DNA pode ser medida através de um pool de fluxo condutor para monitorar o progresso da reação de síntese.
Verifique regularmente o estado de funcionamento do sintetizador para garantir que os parâmetros (como temperatura, pressão, tempo, etc.) estejam dentro do intervalo normal.
Sintetizador de DNA/RNACompletação da síntese e processamento do produto:
Quando a síntese é concluída, o veículo é retirado para corte e desprotecção, geralmente os fragmentos de DNA dentro de 40 bp demoram pelo menos 2 horas e quanto mais a cadeia for longa, mais tempo é necessário.
Utilize métodos de purificação apropriados (como purificação OPC, purificação PAGE, purificação dessalinização, purificação HPLC, etc.) para remover fragmentos curtos e íons de sal para melhorar a pureza do produto.
Verifique a sequência do DNA purificado para garantir que a sequência corresponda às expectativas.