Métodos de análise fenotípica baseados em imagens, como a amplamente utilizada análise Cell Painting, usam imagens de alta connotação e saídas multiparâmetros para estudar perturbações biológicas, genéticas e químicas nas células. Essa abordagem cada vez mais popular está sendo aplicada em projetos de descoberta de drogas a pesquisas de triagem genômica. Em um experimento padrão de Cell Painting, vários órgãos e estruturas (núcleos, citoplasma, mitocondrias, Golgi, retina endoplasmática, esqueleto celular, RNA citoplasmático e nucleos) foram coletados em cinco canais de imagem. Essa coloração celular extensiva permite monitorar e quantificar múltiplas formas de perturbação em resolução celular única. As limitações da análise Cell Painting publicada incluem a estreita disponibilidade de corantes adequados e o sistema de imagem fornece capacidade de separação espectral suficiente. Especificamente, o corpo de Golki e a actina são imagens através do mesmo canal, o que representa um desafio para distinguir as duas estruturas na análise de imagens. Essa restrição pode interferir com a seleção de hit ou mascarar os efeitos de certos compostos, especialmente aqueles que têm mecanismos de ação (MOA) que afetam o corpo de Golki (vias de biosíntese) ou a rede do esqueleto celular.