O laboratório de microbiologia geralmente inclui três áreas de área de limpeza, área de operação e área estéril, que podem ser divididas em salas de preparação, salas de cultura, salas de bactérias, salas de desinfecção e salas estériles. Os laboratórios de microbiologia variam significativamente de acordo com a área de especialização (proteção ambiental, alimentos, medicamentos, medicina, etc.) e a natureza (ensino, produção, pesquisa científica, testes, etc.).