-
E-mail
info@tmaxtree.com
-
Telefone
17368780338
-
Endereço
Edifício G, Fase 2, Parque Internacional de Inovação de Ciências da Vida de Wuxi, 196, Donghui Road, Distrito de Wuxi
Wuxi Yuanqing Tianmu Biotechnology Co., Ltd
Problemas da padronização da pesquisa de microbiomas: um caminho unificado para a coleta de amostras e a análise de dados
Datas:2025-12-05Leia:0
Nos últimos anos,Pesquisa de bactériaO rápido desenvolvimento, desde a associação de micróbios intestinais com doenças crônicas até a aplicação da flora ambiental na reparação ecológica, tem produzido resultados intermináveis. No entanto, o rápido desenvolvimento deste campo também expôs um gargalo fundamental: a falta de processos uniformes de padronização, especialmente na coleta de amostras, armazenamento e análise de dados, limita seriamente a comparabilidade e a repetibilidade dos resultados.
Em primeiro lugar, os métodos de coleta de amostras variam muito. Considerando a flora intestinal como exemplo, diferentes estudos usaram fezes, biopsias da mucosa intestinal e até mesmo um swab anal como fonte de amostras; Variáveis como o tempo de amostragem (levantar-se de manhã ou depois das refeições), a temperatura de conservação (temperatura normal, 4 ° C ou -80 ° C), a duração do transporte e a adição de agentes protetores (como RNAlater) não foram consensuadas. Estes fatores podem afetar significativamente a composição microbiana, levando a uma mesma população a apresentar características microbianas muito diferentes em diferentes estudos.
Os métodos de extração de DNA são diversos. Diferentes kits têm eficiência diferente na fissura de micróbios Gram-positivos ou esporólogos, o que resulta em desvios de abundância de espécies. Enquanto a sequência amplificadora posterior (por exemplo, 16S rRNA região V3-V4), os detalhes técnicos como a seleção do precursor, o número de ciclos de PCR, a plataforma de sequência (Illumina vs. Nanopore) ampliam ainda mais a heterogeneidade dos dados.
Mais complicado é o processo de análise de dados. Desde o controle de massa de sequência original, agrupamento OTU ou divisão ASV, comparação de banco de dados (Greengenes, SILVA ou GTDB), cálculo de diversidade α/beta e seleção de modelos estatísticos, existem várias combinações de ferramentas e parâmetros em cada etapa. A falta de uma linha de análise unificada torna quase impossível a integração entre pesquisas e dificulta a realização de metaanálises de grandes amostras.
Para resolver esse dilema, a comunidade acadêmica internacional está promovendo várias iniciativas de padronização. Por exemplo, o Programa do Microbioma Humano (HMP) e a Aliança MiBioGen publicaram diretrizes para o processamento de amostras; A Global Microbiome Standards Coalition (GSC) defende o uso do padrão de metadados MIxS; Plataformas de código aberto como QIIME 2 e mothur estão dedicadas a fornecer processos de análise reprodutíveis. Além disso, cada vez mais revistas exigem que os autores divulguem dados brutos e código completo para aumentar a transparência.
No futuro, só através da colaboração multicéntrica, a criação de bancos de amostras de bactéria e benchmarks analíticos e a promoção de padrões de consenso da indústria,Pesquisa de bactériaPara realmente passar da “ciência descritiva” para uma nova fase da medicina de precisão “previsível e intervenível”. A padronização é o caminho para esse futuro.