Serviços técnicos Ribo-seq

Serviços técnicos Ribo-seq

Princípios técnicos

As proteínas são os principais portadores da atividade vital, e a regulação da tradução é uma forma importante de regulação dentro da célula. A tradução é o processo em que o ribosoma lê o modelo de mRNA para orientar a síntese de proteínas e é um passo fundamental na expressão de genes. O processo de tradução é estritamente regulado e muitas doenças estão associadas a anormalidades de tradução, como doenças neurodegenerativas, anemias e distúrbios de desenvolvimento. Embora a estrutura e a função dos ribosomas sejam estudadas com profundidade, o mecanismo regulador do processo de tradução também precisa ser estudado em profundidade.

Perfil do ribosoma (ribosome profiling)Ribo-seqÉ capaz de detectar detalhadamente o estado de tradução no corpo.Ribo-seqO núcleo da tecnologia é identificar o mRNA ligado ao ribosoma e cerca de 30 nucleótidos que estão sendo traduzidos. Sequenciamento de fragmentos de mRNA ligados ao ribosoma permite registrar com precisão a localização do ribosoma durante a tradução. O grupo de transcrição eRibo-seqA análise conjunta de dados permite calcular a taxa de síntese de proteínas.

Características técnicas

Ribo-seqÉ capaz de revelar a hora, o local, a localização da síntese de proteínas, quais proteínas estão sendo sintetizadas e os mecanismos reguladores da síntese de proteínas.Ribo-seqA ponte entre a transcrição e a proteômica foi amplamente utilizada em estudos em animais, plantas e micróbios para revelar os mecanismos reguladores do crescimento, da formação morfológica, da ocorrência de doenças e da resposta à força adversa.

Direção de aplicação

Ribo-seqAplica-se ao estudo da atividade de tradução de transcrições, identificando locais iniciais de tradução, locais ORF e mecanismos de regulação de tradução de proteínas.

Ribo-seqA tecnologia tem sido amplamente utilizada em estudos em animais, plantas e micróbios para revelar os mecanismos reguladores do crescimento, da formação morfológica, da ocorrência de doenças e das respostas à força adversa. De qualquer forma,Ribo-seqÉ possível detectar a tradução de proteínas a nível genômico, obter informações sobre a sequência de mRNA em tradução e analisar os mecanismos de regulação da tradução.

Vantagens da Blue Vision

Os ciclos experimentais são rápidos, de alta qualidade e os resultados são estáveis e confiáveis.

Experiência rica em espécies.

Serviços técnicos Ribo-seqProcesso experimental

Análise do conteúdo

Análise padrão de vida

(1) Avaliação de qualidade de filtragem e sequenciamento de dados brutos

(2) Comparação da remoção de RNA ribosomal, tRNA, sRNA, etc.

(3) Estatísticas de distribuição de comprimento Reads e filtro de comprimento

(4) Comparação do genoma de referência

(5) Análise de saturação de sequência

Estatística e classificação da distribuição de RF no genoma

(7) Análise do ritmo de três bases

(8) Estatística e análise de expressão de genes traduzidos

9) Análise de Relações de Amostras

Análise genética de tradução de diferenças entre grupos

(11) Análise de enriquecimento funcional GO e KEGG de genes de tradução diferencial

Ribo-seqAnálise conjunta com RNA-seq

1) cálculo da eficiência da tradução

Análise da correlação entre ribo-seq e RNA-seq

Análise da correlação entre eficiência de tradução e nível de transcrição

Análise do processo

Casos experimentais

Requisito de amostra

(1) amostras de células: a quantidade de amostragem recomendada é de 5 x 106-1 x 107.

(2) Amostras de tecido animal: a quantidade recomendada de amostragem é ≥ 300 mg.

(3) amostras de tecido vegetal: a quantidade recomendada de amostragem ≥ 500 mg.

Agrupamento de amostras

Pelo menos 2 grupos de amostras, incluindo o grupo controle e o grupo experimental, com o número de amostras recomendado: 3 Vs 3.

Referências

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