Sistema de Envoltura Molecular de DNA - Análise Unicelular Samplix

O sistema de envoltura molecular de DNA - Samplix Single Cell Analysis é um instrumento versátil e fácil de usar para preparar células, órgãos celulares, DNA ou outros materiais biológicos vivos de mamíferos ou micróbios para análises downstream de alta resolução. As moléculas individuais, as células, os órgãos celulares, o encapsulamento de nanopartículas e a seleção de alto rendimento podem ser alcançados. O encapsulamento de DNA permite a triagem de grandes bancos de genes complexos à velocidade de Qian Su Wei You.

Preparador de biblioteca genética de alta fidelidade

Sistema de Envoltura Molecular de DNA - Análise Unicelular Samplix: Um sistema de embalagem e classificação de gotas de emulsão de células individuais, moléculas individuais e nanopartículas de alto fluxo

Wei YiAs moléculas individuais, as células, os órgãos celulares, o encapsulamento de nanopartículas e a seleção de alto rendimento podem ser alcançados. O encapsulamento de DNA permite a triagem de grandes bancos de genes complexos à velocidade de Qian Su Wei You.

O XdropTipo de preparação

Sistema de Envoltura Molecular de DNA - Análise Unicelular SamplixÉ um instrumento versátil e fácil de usar para preparar células, órgãos celulares, DNA ou outros materiais biológicos vivos de mamíferos ou micróbios para análises downstream de alta resolução.

Usando o nosso kit Xdrop, a Xdrop encapsula com segurança e rapidez fragmentos de células vivas, órgãos celulares ou DNA, juntamente com a substância química de teste, em gotas de emulsão dupla de volume epidérmico altamente estável. Essas gotas são estáveis ​​por pipeta, vortex, incubação, citologia de fluxo, seleção e até mesmo armazenamento a longo prazo. Mais importante ainda, as células podem ser recuperadas de gotas para amplificação.

Junto com as técnicas de análise adequadas, o aplicativo Xdrop inclui:

1 Células imunológicas humanas, células NK

2 Secreção enzimática das células microbianas

3 Células de mamíferos secretam citoquinas

4 Verificação de edição genética, incluindo a avaliação de reorganizações inesperadas no alvo e fora do alvo

Com o Xdrop, os pesquisadores podem obter uma visão mais profunda da função celular e da genômica em seres humanos, animais, plantas e micróbios. O Xdrop também pode gerar gotas de emulsão única para outros fluxos de trabalho, incluindo encapsulamento de DNA para amplificação genômica inteira sem desvios. Oferecemos o conjunto completo de reagentes, kits e acessórios necessários para o Xdrop. Além disso, o treinamento do usuário faz parte do nosso serviço de instalação padrão do Xdrop.

Vantagens

O 1 Xdrop envolve células vivas de mamíferos ou micróbios em gotas de emulsão dupla altamente estáveis para determinação funcional, incubação, análise fenotípica e triagem.

2 Xdrop ajuda a responder a perguntas-chave na pesquisa de engenharia celular e terapia genética.

3 O Xdrop suporta fluxos de trabalho de engenharia molecular, incluindo evolução enzimática e engenharia de vias.

O 4 Xdrop tem uma interface fácil de usar e uma área pequena que permite que todos os laboratórios de biologia molecular utilizem as funções de microfluidos*.

Kit de emulsão de duas camadas

Todos os reagentes estão incluídos em caixas que podem encapsular milhões de células ou moléculas por operação.

Classificação XdropPreparar o tipo de seleção

O novo membro da família Xdrop pode gerar e classificar gotas de emulsão dupla em um fluxo de trabalho fácil de usar, sem nenhuma experiência em classificação celular baseada em fluorescência.

O fluxo de trabalho começa com a captura de fragmentos de DNA de 100 kb, pequenas células individuais ou outro material biológico de gotas altamente estáveis para medições como PCR e avaliação da atividade enzimática. Em seguida, as gotas são classificadas de acordo com a fluorescência do conteúdo dentro das gotas para obter apenas as amostras de interesse para análise downstream de alta resolução, por exemplo:

Edição CRISPR para verificar que não esconde desvios de reorganização inesperada da PCR

Identificação de locais de integração de vírus e transgênicos

Avaliação da atividade enzimática a nível unicelular

Executar filtragem GFP de alto fluxo

Vantagens:

Capacidade de enriquecer segmentos longos

· Alta sensibilidade - Detecção monomolecular

Manter a natureza do DNA

Quase nenhum conhecimento prévio de sequências é necessário

Compatível com PacBio, Nanopore e Illumina

· Facilidade de configuração através do sistema automático de microfluidos

• Reduzir o tempo de rotação de semanas para dias

Aplicação:

• Mudanças estruturais

amostras complexas (por exemplo, biopsia de câncer)

Áreas difíceis de sequenciar (por exemplo, ricas em GC)

· Fechamento da lacuna genômica

· Fasificação genética / genotipação / monotipação

• Ligar os genes de resistência ao hospedeiro

Sequenciamento de áreas de baixa abundância

• Avaliação regional duplicada

• Amostras que contêm apenas DNA de Nark

Materiais auxiliares

Cartucho DE50 - para envolver células de mamíferos em gotas de emulsão dupla

Produzir gotas de emulsão dupla altamente estáveis de ~100 litros de pele para encapsular células de mamíferos, transformando grandes células em testes de célula única. O fluxo de trabalho com o cartucho Xdrop DE50 inclui a secreção de citoquinas e a determinação da morte celular. Basta carregar o reagente e a amostra, colocar o kit no Xdrop e executar o programa.

Execute 8 amostras simultaneamente ou separadamente

Produz até 500.000 gotas por pista de natação em 8 minutos incubando gotas com células em um compartimento de cultura de CO 2

Restaurar as células selecionadas para extensão

Cartucho DE20 - para envolver longos fragmentos de células microbianas, órgãos celulares ou DNA em gotas de emulsão dupla

Produza gotas de emulsão dupla altamente estáveis de cerca de 1,5 litros usando colunas independentes Xdrop DE20 para encapsular milhões de células microbianas, órgãos celulares ou DNA. Cada gota atua como um compartimento para medir a resolução de uma única célula ou enriquecimento de DNA alvo. Basta carregar o reagente e a amostra, colocar o kit no Xdrop ou no Xdrop Sort e executar o programa.

Execute 8 amostras simultaneamente ou separadamente

Produz até 10 milhões de gotas por pista de natação em 45 minutos incubando gotas com células em caixas de cultivo de CO2

Recuperar as células selecionadas para expandir para garantir um fluxo de trabalho livre de poluição

Caixa de seleção DE20 - para a seleção de gotas de emulsão dupla contendo DNA ou células pequenas

Use a nova caixa de seleção Xdrop DE20 para selecionar gotas de dupla emulsão que contêm DNA fluorescente ou células pequenas. Este sistema fácil de usar foi projetado para ser usado com o nosso novo instrumento Xdrop Sort e não requer conhecimento especializado em selecionadores de fluorescência. Basta carregar o reagente e a amostra, colocar o kit no Xdrop Sort e executar o processo de classificação.

Execute até 8 amostras ao mesmo tempo e classifique bilhões de gotas por dia para garantir um fluxo de trabalho livre de poluição

Cartucho SE85 - para envolver DNA, RNA, órgãos celulares ou células pequenas em uma única gota de emulsão

Produza uma única gota de emulsão usando um cartucho Xdrop SE85 independente para encapsular milhões de moléculas, órgãos ou células. Cada gota atua como um compartimento para medição de uma única molécula ou uma única resolução celular. Basta carregar o reagente e a amostra, colocar o kit no Xdrop ou no Xdrop Sort e executar o programa.

Execute 8 amostras simultaneamente ou separadamente

Produz mais de 50.000 gotas por canal em 40 segundos para garantir um fluxo de trabalho livre de poluição

Aplicações

A tecnologia de microfluidos patenteada da Xdrop produz gotas de emulsão dupla e única altamente estáveis para embalagem de biomateriais.

Este instrumento versátil e fácil de usar encapsula componentes da vida, como células vivas de mamíferos e micróbios, ou longos fragmentos de DNA, para uma variedade de fins downstream, incluindo incubação, análise, classificação e análise de espectroscopia molecular.

O Xdrop Sort baseia-se na tecnologia de microfluidos patenteada pela Xdrop e aumenta a capacidade de classificação fluorescente de gotas duplas de emulsão com base em biomateriais encapsulados.

Aqui estão algumas aplicações representativas.

Análise da função celular:

Células imunológicas humanas, células NK

• Secreção enzimática das células microbianas

· Células de mamíferos secretam citocinas

Aplicações Genômicas:

• Mudanças estruturais

amostras complexas (por exemplo, biopsia de câncer)

Áreas difíceis de sequenciar (por exemplo, ricas em GC)

· Fechamento da lacuna genômica

· Fasificação genética / genotipação / monotipação

• Ligar os genes de resistência ao hospedeiro

Sequenciamento de áreas de baixa abundância

• Avaliação regional duplicada

• Amostras que contêm apenas DNA de Nark

Aplicações da genômica vegetal:

• Enriquecer áreas específicas do genoma em variedades de plantas

· Revela a estrutura de agrupamentos de genes biosintéticos em variedades de cevada sem genoma de referência

· Preencher a lacuna na estrutura de agrupamentos de genes biosintéticos em variedades de tomate

Exemplos de aplicação:

1Ampliação precisa de todo o genoma

De fato, 99% do genoma alvo foi coberto mais de uma vez por leituras de sequenciamento da biblioteca.

Amplifique seus genes com a tecnologia Xdrop dMDA para amplificar todos os genes com fidelidade e precisão, mesmo quando a entrada é tão baixa quanto 1 pg.

2 – Phasing genético

O alelo CYP2D6*7 contém 1 polimorfismo de nucleótido único (SNP), enquanto o CYP2D6*25A contém 22 SNPs.

A tecnologia Xdrop é capaz de medir com precisão todas as 23 variantes, incluindo Phasing (veja a figura abaixo).

O Xdrop oferece suporte ao aplicativo com um design simples e captura de sequências indiretas de fragmentos de DNA compridos (~100 kb). Combinado com a sequência de leitura longa, o Xdrop superou a dificuldade de fazificar genes em amostras genéticamente heterogêneas individuais.

A alta fidelidade enriquecida é capaz de detectar um ou mais SNPs em alelos e permitir a montagem a partir do zero para resolver mudanças estruturais.

Monitoramento de mudanças estruturais complexas em genes

Uma análise detalhada das leituras que atravessam o ponto de ruptura mostrou a presença de vários locais de integração do HPV18 na região no cromossomo 8. Os conjuntos de dados PacBio, Oxford Nanopore e Illumina suportam os locais de integração identificados.

A tecnologia Xdrop é um novo método de enriquecimento de DNA direcionado que é único na possibilidade de selecionar, enriquecer e sequenciar fragmentos de DNA natural. Isso permite enriquecer grandes partes do genoma (cerca de 100 kb), incluindo áreas desconhecidas. Usando o Xdrop? Os fragmentos longos gerados pelo método não são apenas adequados para sequências de leitura longa, mas também fornecem informações contextuais valiosas para sequências de leitura curta.

Sequenciamento de áreas de interesse desconhecidas (ROI)

PCR e métodos de enriquecimento de DNA direcionado baseados em sondas exigem otimização intensiva do projeto e conhecimento completo da área de interesse (ROI). Essas abordagens tradicionais também falham na caracterização de ambientes genômicos complexos (por exemplo, regiões duplicadas, variações estruturais, regiões ricas em GC) e regiões desconhecidas e reorganizadas. Para superar essas limitações, a Samplix desenvolveu uma nova abordagem de microfluidos, o fluxo de trabalho enriquecido Xdrop baseado na captura de sequências indiretas.

O Xdrop pode enriquecer regiões longas (~100 kb) de DNA alvo que precisam ser projetadas para pares de primeiros individuais em sequências de detecção, correspondendo a uma pequena fração do ROI ou regiões laterais. Este amplificador é projetado para detectar, selecionar e enriquecer o ROI de todo o comprimento para captura e sequência.

Usando o Xdrop? A capacidade da tecnologia de resolver essas áreas desafiadoras abre a porta para resolver muitas outras áreas desafiadoras que podem representar uma grande proporção do genoma. A combinação do enriquecimento do Xdrop com a tecnologia de sequência de leitura longa e curta oferece a alta resolução necessária para resolver cenários genômicos complexos de forma rápida e econômica, evitando o sequência de todo o genoma.

Identificação e confirmação de operações de edição de genes CRISPR

Através de um design simples e captura de sequências indiretas de longos fragmentos de DNA, o Xdrop ajuda a identificar locais de inserção geneticamente modificados que geralmente são difíceis de encontrar e caros.

A integração aleatória no corpo construído e a presença de sequências do genoma do hospedeiro complicam a localização integrada. O Xdrop torna a engenharia genômica de validação simples.

Processo experimental

Reagentes dPCR misturados

O DNA é adicionado a uma mistura de reação de dPCR que contém primers específicos do alvo.

2, produção de gotas

A reação é distribuída no chip do gerador de gotas para produzir gotas de água de embalagem (DE).

Reação em cadeia de polimerase de alta resolução

As gotas passam pelo ciclo térmico e podem executar milhões de operações de PCR-re em paralelo. A detecção de gotas fluorescentes permite identificar as gotas que carregam moléculas de DNA alvo.

Contagem e separação de gotas

A detecção e a separação são realizadas usando o dispositivo de seleção celular (FACS), que coleta gotas PCR positivas contendo moléculas de DNA alvo

Enriquecimento do DNA

A molécula única enriquecida de fragmentos longos de DNA é amplificada por amplificação de deslocamento múltiplo de gotas (dMDA) para garantir a amplificação imparcial de DNA e uma cobertura uniforme da área alvo.

Referências

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3. Caracterização da expansão repetida FMR1 e variantes intragênicas pela sequência indireta captura Valentina Grosso, Luca Marcolungo, Simone Maestri, etc.

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5. Deleções CRISPR/Cas9 induzem efeitos genômicos adversos no alvo levando ao DNA funcional em células humanas Keyi Geng, Lara Garcia Merino, Linda Wedemann, etc.

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Autorização de Agente de Fabricante Samplix: