Compreensão completa do fluxo de trabalho de proteômica subcelular (incluindo espectro de massa e

Compreensão completa do fluxo de trabalho de proteômica subcelular (incluindo espectro de massa eTecnologia SILAC) Detalhes do serviço de tecnologia de inspeção

Na era pós-genômica, a proteômica subcelular está se tornando uma direção fundamental para descobrir a função celular, as vias de sinalização e os mecanismos da doença. Em comparação com a dànbáizhíomica a nível celular inteiro, a pesquisa a nível subcelular se concentra na expressão, localização e mudanças dinâmicas das proteínas dentro de órgãos específicos (como mitocondrias, reticulares, núcleos celulares, etc.), fornecendo suporte a dados de maior resolução espacial.

Por que escolher a genomica de dànbáizhì subcelular?

Apesar dos amplos resultados alcançados pela dànbáizí-omia tradicional na triagem de biomarcadores de doenças e no estudo de vias de sinalização, sua resolução espacial tende a ser limitada. Por exemplo, nas células tumorais, as mudanças na expressão no nível do proteoma inteiro não refletem diretamente a translocação de proteínas no nível do órgão celular.

Subcelular dànbáizhì genomics através da separação jīngzhǔn e análise quantitativa dos órgãos celulares, pode:

• Revela o transporte dinâmico de proteínas entre diferentes órgãos celulares.

• Identificar anormalidades na expressão de proteínas locais associadas à doença.

• Reconstruir a estrutura da rede de proteínas em dimensão espaço-tempo.

Nesta direção de pesquisa, a aplicação conjunta de plataformas de espectroscopia de massa de alta resolução e estratégias de marcação quantitativa é particularmente crítica.

II. O fluxo de trabalho central da dànbáizhì submelular

Preparação da amostra e separação dos componentes subcelulares

A separação subcelular de alta qualidade é a base de todo o processo. Os métodos atuais incluem:

• Centrífuga diferencial: adequada para a separação grosseira da maioria dos órgãos celulares (por exemplo, mitocondrias, núcleos, bolhas, etc.).

• Gradiente de densidade de centrifugação (como sucrose ou gradiente Percoll): para purificação adicional do órgão alvo.

• Isolação por imunoafilidade: enriquecimento de órgãos celulares específicos por anticorpos para estruturas celulares difíceis de separar por centrifugação.

• Mapeamento de Localização Subcelular: combina técnicas como SILAC para melhorar a resolução espacial.

Extração de proteínas e corte enzimático

Diferenças significativas no tipo e abundância de proteínas em diferentes órgãos celulares são necessárias para otimizar o sistema de tampão durante a extração de proteínas, como:

• Para amostras enriquecidas com módànbái, recomenda-se o uso de alto sal + desinfectante não iónico.

• Os componentes nucleares que contêm ácido nucleico precisam ser adicionados a nucleatase para reduzir a viscosidade da amostra.

O corte enzimático é geralmente realizado com a Yídànbáiméi (Trypsin), quando necessário, ligando-se a coenzimas como Lys-C para aumentar a eficiência de corte de proteínas complexas.

Estratégia Quantitativa Detalhada: Vantagens do SILAC na Omomica Subcelular de dànbáizhì

1 O que é o SILAC?

SILAC（Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture） É uma estratégia de marcação metabólica que alcança a quantificação relativa dos níveis de dànbáizhì através da introdução de aminoácidos contendo isótopos de nitrogênio pesados ​​durante a cultura celular. As suas vantagens incluem:

• Não é necessária modificação química para evitar a introdução de alterações não fisiológicas.

• Aplicável a estudos de transbordo dinâmico.

• Naturalmente compatível com espectro de massa e com alta precisão quantitativa.

Na dànbáizhì genomica subcelular, o SILAC é especialmente adequado para:

• Construção de mapas de localização de proteínas: diferentes marcadores SILAC simulam diferentes órgãos celulares para inferir o posicionamento através da intensidade da etiqueta e padrões de distribuição.

• Estudo de transbordo dinâmico: mudanças na intensidade do rótulo SILAC antes e depois do tratamento, revelando tendências de migração de proteínas.

• Comparação omica sob condições de filtragem de alto fluxo.

SILAC vs outras tecnologias quantitativas (TMT, Label-free)

Análise espectral de massa e interpretação de dados

Escolha do instrumento: alta resolução vs alto fluxo

A dànbáizhìomica subcelular geralmente recomenda o uso de espectrômetros de massa de alta resolução (como Orbitrap Exploris, série timsTOF) para melhorar a capacidade de detecção de proteínas de baixa abundância e marcação de isótopos.

Processo de processamento de dados

Os processos analíticos típicos incluem:

• Pré-processamento de dados brutos (Raw to mzML).

• Identificação e quantificação de marcadores de isótopos (MaxQuant, Proteome Discoverer, etc.).

• Assistência de software de previsão de localização subcelular (por exemplo, MetaMass, SubCons, etc.).

• Análise enriquecida e anotação funcional (GO, KEGG, Reactome).

Em projetos reais, o controle de qualidade dos dados é essencial. Por exemplo:

• A cobertura de proteínas é equilibrada.

• A resolução do pico isótopo é suficiente.

• Existe ou não interferência do efeito de lote.

A dànbáizhìomica subcelular é uma ponte importante entre a expressão de proteínas conectivas e a função celular. À medida que a sensibilidade do espectro de massa aumenta e as técnicas quantitativas se diversificam, a genomica jīngquē a nível subcelular tornou-se um meio para entender os fenômenos complexos da vida bùkěhuòquē. No futuro, novas direções como a poliomica espacial, a previsão de localização assistida pela IA e a sub-citomica unicelular ampliarão ainda mais as fronteiras da pesquisa. A biotecnologia da Betypack irá continuar a otimizar os processos de serviço de uma parada única, desde o processamento de amostras até a análise de espectroscopia de massa até a interpretação de informações vivas, ajudando os pesquisadores a explorar os mistérios da vida em resoluções mais altas.

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Projetos de Biotecnologia da Betypake

Sequência de proteínas

Usando o novo espectrômetro de massa Obitrap Fusion Lumos da Thermo e o sistema de sequência de degradação Edman da Shimazu para analisar sequências de dànbáizhì, a Biotechnolojia da PT fornece serviços de análise de sequência de proteínas baseadas em espectro de massa, incluindo análise de composição de aminoácidos de dànbáizhì, análise de Nduāncèxù, Cduāncèxù e sequência completa, bem como análise de sequências do extremo N de dànbáizhì baseada em degradação Edman. Para a dànbáizhì com sequências teóricas desconhecidas, oferece-se um serviço de sequenciamento a partir do zero baseado no método de sequenciamento a partir do zero para a análise da sequência da proteína.

* Vantagens do serviço:

Adota o Obitrap Fusion Lumos, o instrumento de espectroscopia de massa mais avançado do mundo;

Cobertura de 100% da sequência de proteína alvo determinada;

Determinação de até 70 sequências de aminoácidos na extremidade N da proteína;

As amostras podem ser determinadas em várias formas: solução de proteína, faixa de proteína PVDF;

Baixa dose de amostra: a amostra de proteína só precisa de 5-10ug para completar o teste;

A sequência não é afetada por modificações da extremidade N, como fechamento da extremidade N, PEC e glicosilação.

II. Organização de dànbáizhì

A Plataforma de Espectroscopia de Massa Orbitrap Fusion Lumos da Thermo Fisher combinada com a Nano-LC oferece uma variedade de serviços de análise de dànbáizhì, incluindo dànbáizhì quantitativa, dànbáizhì direcionada, polipéptida e proteômica modificada após tradução. Além disso, a PT Biotech lançou um novo serviço de dànbáizhì 4D baseado no timsTOF Pro, que facilita pesquisas em proteômica de amostras em microescala, medicina de grandes amostras e modificação de alta potência.

* Vantagens do serviço:

1 . Análise quantitativa de proteínas de alto fluxo: análise experimental em larga escala em grupos de controle múltiplos para a descoberta de novos biomarcadores;

2. vários métodos de marcação de dànbáizhì in vivo e in vitro, aplicáveis ​​à análise de tecidos, células, sangue e outras amostras;

Alta sensibilidade à análise espectrôlica de massa e alta repetição dos resultados experimentais;

4. pode detectar proteínas de baixa abundância, ampla gama linear;

5.zhuānyè análise bioinformática, análise mais sistemática e precisa.

Análise técnica de fluxo de espectro de massa de célula única

A biotecnologia da Betypake utiliza o sistema de fluxo de espectroscopia de massa Fluidigm para a análise técnica de fluxo de espectroscopia de massa de célula única, marcando a superfície da célula e as moléculas internas com marcadores de elementos metálicos (geralmente anticorpos específicos marcados com elementos metálicos), em seguida, separando as células individuais com o princípio da célula de fluxo, analisando o espectro de massa atômico de células individuais com espectroscopia de massa de plasma acoplado por indução (ICP-MS), e depois convertendo os dados do espectro de massa atômico em expressão molecular de sinal na superfície da célula e no interior.

* Vantagens do serviço:

Tecnologia avançada para preencher lacunas tecnológicas

A tecnologia de anticorpos marcados por metais evita os problemas de que os canais de fluorescência de fluxo tradicionais são poucos e fáceis de interagir. Com a capacidade de caracterizar vários indicadores simultaneamente a nível de uma única célula, a biotecnologia da Peptide pode detectar simultaneamente 51 proteínas alvo.

Grande quantidade de análise e baixo custo

O RNAseq de célula única é limitado por fatores como o custo, o número de células agregadas de todas as amostras é geralmente de cerca de 2x10 ^ 4, enquanto a tecnologia de espectroscopia de massa de fluxo pode analisar pelo menos 10 ^ 5 células de uma só vez (amostra única), alcançando um aumento quantitativo e o custo não é maior do que o RNAseq de célula única.

Grandes perspectivas de aplicação

Os resultados da espectroscopia de massa de fluxo podem dar mudanças na subpopulação celular, com grandes perspectivas de pesquisa no diagnóstico clínico e no estudo do mecanismo da doença;

Combinar a tecnologia de etiquetagem metálica com outras tecnologias terá uma nova direção de aplicação. Além das proteínas convencionais, a tecnologia celular de fluxo de massa também pode ser usada para modificação pós-tradução de proteínas;

É possível detectar a taxa de sobrevivência celular, tamanho celular, expressão de transcritor de mRNA, taxa de síntese de DNA e atividade de protease.

Análise imunopoliptídeomica com base em espectro de massa de alta precisão e descoberta de novos antígenos

A solução única para análise imunopoliptídeomica baseada em espectroscopia de massa de alta precisão e descoberta de novos antígenos da Biotec inclui nossa solução patenteada e altamente sensível de enriquecimento e identificação de imunópeptidos. Podemos ajudá-lo a identificar e identificar mais de 10.000 polipéptidos tipo I e mais de 10.000 polipéptidos tipo II. A análise imunopeptidómica é realizada através da nossa plataforma de análise imunopoliptídeomica de alto fluxo otimizada para identificação e quantificação repetida a partir de materiais de amostras pequenas do zuì. O serviço pode ser aplicado a pesquisas em larga escala para ajudar os pesquisadores a encontrar soluções para câncer, doenças imunológicas e doenças infecciosas e explorar alvos desconhecidos.

V. Caracterização Biofarmacêutica

Baseado em tecnologia de espectroscopia de massa de alta resolução, MALDI TOF， Tecnologia de separação cromatográfica de alta eficiência que oferece uma ampla gama de soluções de análise de biofarmacêuticos de wánshàn, desde a composição de aminoácidos e análise estrutural primária de produtos biológicos como dànbáizhì, péptidos, anticorpos e vacinas até a análise de variabilidade e pureza do produto. O objetivo é fornecer serviços de análise de biomedicamentos de alta qualidade para ajudar os fabricantes de biomedicamentos a melhorar a qualidade dos biomedicamentos.

As sete principais plataformas de teste da biotecnologia

BioTecnologia da PTP - Caracterização de produtos biológicos, prestador de serviços de alta qualidade de espectrometria de biomassa

A Beijing Baitepike Biotechnology Co., Ltd. é dedicada a fornecer serviços de zhuānyè como testes de controle de qualidade e validação de projetos para as indústrias de dispositivos biológicos / farmacêuticos e médicos. Os laboratórios da empresa seguem as regulamentações e os princípios orientadores da NMPA, ICH, FDA e EMA, passaram pela certificação do sistema de qualidade duplo CNAS / ISO9001, estabeleceram um sistema de qualidade completo, backup de dados a frio e a calor / fora do local, medição regular do equipamento / verificação durante, rastreamento de auditoria de software, fornecendo soluções integradas e serviços técnicos para os clientes, apoiando o desenvolvimento de novos medicamentos, registro de declaração de medicamentos e lançamento de produção.

A empresa adota o sistema de controle de qualidade ISO9001, zhuānyè fornece serviços de análise de teste CRO baseados em espectro de massa;

Reconhecido pelo laboratório nacional CNAS para fornecer aos clientes serviços de pesquisa de qualidade de medicamentos em conformidade com as regulamentações farmacêuticas globais;

3. O âmbito de atividade abrange a dànbáizhí ómica, polipéptida ómica, metabólica, caracterização biofarmacêutica, análise de célula única, fluxo de espectro de massa de célula única, análise de nuvem de vida e análise de integração de espectro de matéria de vários grupos de estudantes, etc.

Sete plataformas de teste de controle de qualidade para atender às suas necessidades de serviço de parada única;

Serviço 3000 + empresas, escolha de 10000 + clientes;

Dedicado a fornecer-lhe serviços de análise de espectroscopia de biomassa de alta qualidade!

Compreensão completa do fluxo de trabalho de proteômica subcelular (incluindo espectro de massa eTecnologia SILAC) Detalhes do serviço de tecnologia de inspeção